上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为原上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，三级综合性医院）资源整合，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。（以下简称“九院”）
九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东院区（高科西路1908号）、浦东科教园区（锦尊路115号）和祝桥院区（在建）。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。
九院总占地面积109.68亩，总建筑面积29.01万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室63个，其中医技科室11个。全院职工5028人。九院拥有5位中国工程院院士：整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。
在2022年度中国医院科技量值（STEM）综合排行榜中，综合排名全国第9位。整形外科排名全国，口腔医学排名全国第三，眼科学排名全国第五，耳鼻咽喉科学排名全国第六，骨科学排名全国第七。
在2022年度上海市三甲医院科研竞争力排行榜中，综合排名全市第三。整形外科学、口腔医学排名，眼科学、骨科学、耳鼻咽喉科学、病理学排名第二，护理学、麻醉学排名第三，内分泌病学、营养学排名第四，全科医学、临床放射学排名第五。
九院学科建设水平不断发展。是口腔医学中心和口腔疾病临床医学研究中心依托建设单位，医院有口腔临床医学、整复外科、骨科等3个重点学科，口腔基础医学为重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科等9个临床重点专科；上海市临床重点专科8个；上海市教委IV类“高峰学科”1项；上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项。拥有口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部211工程重点学科；口腔疾病、修复重建外科、创伤骨科与骨关节外科等3个上海市临床医学中心；上海市口腔疾病临床医学研究中心、上海市整形与修复重建临床医学研究中心等2个上海市临床医学研究中心；上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心、上海市听觉与耳神经颅底外科研究中心、上海市整形外科研究中心、上海市骨科数字医学研究中心等5个上海市重中之重研究中心。口腔黏膜病科列为中医药管理局重点专科；血管外科为全国批外周血管介入诊疗培训基地；组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科（优势学科）、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科；修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心；康复医学、急诊与危重病学为上海卫生计生系统重要薄弱学科；中医口腔黏膜病学为上海市中医药新兴交叉学科。眼科、耳鼻喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科；内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科；医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。
在国际合作方面，英国爱丁堡皇家外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、国际口腔颌面外科医师协会（IAOMS）口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔颌面外科国际内固定学会（AOCMF）颅颌面分会培训中心单位，建立了国内国际认证的麻醉护理教育基地，并挂牌美国心脏协会心血管急救培训中心。
“十四五”发展规划以来，九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模*大的整形外科医学中心和国内*大的整形外科医教研中心；口腔颌面外科达到国际领先水平；牙体牙髓病科、牙周病科、口腔黏膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平；骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位；眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗达到全国领先水平，耳神经颅底外科在亚专业领域的国内排名近年始终位居全国前三；辅助生殖中心是全国辅助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄*高的辅助生殖中心；心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领先水平。
2023年医院门急诊人次数为447万余人次，住院人次数15万余人次，住院手术人次数13万余人次，门诊手术操作人次数17万余人次，平均住院日4.6天。
截至2023年底，医院共有博士生导师156名，硕士生导师213名，设有6个博士后流动站，27个博士点、33个硕士点。医院有口腔疾病临床研究中心和组织工程（上海）工程研究中心，教育部数字医学工程研究中心，教育部视觉系统疾病医药基础研究创新中心。拥有上海市组织工程研究重点实验室、上海市口腔医学重点实验室、上海市骨科内植物重点实验室、上海市耳鼻疾病转化医学重点实验室、上海市眼眶病眼肿瘤重点实验室和上海市消化道微生态及重大疾病研究重点实验室（筹）。
医院拥有中国工程院院士5人，各类人才60余人次，上海科技精英6人，上海市领军人才17人，以及上海市学科、学术、技术带头人、启明星计划、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划近400人次。
医院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地，是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有32个教研室。25个住院医师规范化专业基地、2个专科医师规范化培训专科基地，27个上海市专科医师规范化培训专科基地。2021年口腔全科获批住院医师规范化培训重点专业基地。
2023年，医院教育成果丰硕。共获得高等教育（本科）教学成果二等奖1项，上海交通大学2023年度教学成果奖二等奖2项。获得教育部第二批线下和线上本科教程2门，教育部产学合作协同育人项目1项，上海高等学校本科课程1项，上海市高校市级重点课程建设项目2项，上海市高校本科重点教改项目1项。出版教材1本，发表教学论文25篇。
十四五期间，我院纵向科研项目共立项700项，总经费4.56亿元，其中国自然348项，科技部项目18项。医院连续5年实现自然科学基金项目破百。2023年，九院共获纵向科研项目（课题）258项，共计科研经费1.9亿元。自然科学基金基础科学中心项目实现历史上零的突破，获批114项。立项数位列全国综合性医院第14位、上海市综合性医院第4位。获批科技部重点研发计划专项8项。
2022年度医院论文发表取得了数量和质量双提升。共发表SCI收录论文855篇，排名全国医疗机构第14位、上海市医疗机构第2位。共发表中文心核心期刊论文503篇，中文核心期刊全国医疗机构30名，上海市医疗机构第5位。2022年国际论文被引用篇数排名全国医疗机构第18位、上海市第3位。中国卓越论文篇数520篇，排名全国医疗机构第25位、上海市医疗机构第3位。
医院继续坚持以临床问题为导向，构筑“临床-基础-转化”科研模式，建设创新驱动的医院临床研究体系。《构建公立医院成果转化全流程管理体系，盘活知产让医疗“专利”变病患“福利”》荣获第六届“上海医改十大创新举措”。建立临床研究大数据中心，开展联席工作制，以研究应用为牵引，医技结合、医工合作，常态化、规范化运作。2023年，国内专利授权367件，国际专利授权9件，著作权登记9件。已完成转化项目23项，转化专利69件，合同金额18835万元，总到账金额3299万元。
医院重视国际对外交流，主办大量国际学术会议，充分发挥学科国际影响力。医院与瑞典卡罗林斯卡医学院、美国约翰·霍普金斯医院、法国巴黎公立医院集团、哈佛大学牙医学院、德国杜伊斯堡埃森大学IMC口腔医学院、荷兰Acta中心、美国波士顿大学牙学院、马里兰大学牙学院、新加坡国立大学牙学院、日本福冈齿科大学等相关友好姐妹院校建立了长期的互访交流关系。
医院重视精神文明建设和医院文化建设，2020年获评 “全国文明单位”称号。连续荣获上海市文明单位“十五连冠”，多次荣获全国医院（卫生）文化建设先进单位、全国城市医院思想政治工作先进集体、上海市拥军优属先进单位等。先后荣获全国党建工作和市、局精神文明建设组织者、“全国五一劳动奖状”、 “全国工人先锋号”、“全国青年文明号”、 “上海五一劳动奖章”、“上海市工人先锋号”、“上海市五一巾帼奖”、上海市巾帼文明岗等集体及个人荣誉称号等。
医院积极开展社会公益活动，医院连续多年作为上海市进口博览会定点保障医院，并选派志愿者参出色完成进博会应急救护保障任务。2020年医院获批成为上海公益基地。同时，医院是上海市红十字冠名医疗机构，承担多项“博爱申城”志愿服务项目，在冠名医疗机构红十字工作年度考核中继续多年获得年度，并于2021年荣获全国红十字模范单位称号。
九院人认真贯彻党的二十大以来中央一系列决策部署和习近平总书记系列重要讲话精神，按照市委、市政府要求，坚持公益办院，秉承“团结奋进，久久为功”的院训，踔厉奋发、笃行不怠，争取医、教、研、防、管理各项工作取得新突破、新进展和新成效，推动医院高质量发展，为确保上海市民健康水平继续领先全国、保持发达水平，为开创上海卫生健康工作新局面，也为把九院建设成为学科特色鲜明、具有全球影响力的综合性研究型医院而努力奋斗。
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